A közlekedési igazgatási feladatokkal összefüggő hatósági feladatokat ellátó szervek kijelöléséről szóló 382/2016. (XII. 2.) Korm. rendelet hajózási hatóságként jelöli ki:
a) az alábbi ügyekben a minisztert,
- az országos közforgalmú kikötők, vagy azokhoz kapcsolódó hajózási létesítmények, valamint a vám- és határkikötők létesítésével, használatbavételével, fennmaradásával, üzemben tartásával és megszüntetésével, üzemeltetési szabályzatának jóváhagyásával,
- a hatáskörébe tartozó hajózási bírság kiszabásával,
- a településfejlesztési koncepció, az integrált településfejlesztési stratégia és a településrendezési eszközök víziúttal érintett település esetében történő egyeztetési eljárásaival kapcsolatos ügyekben.
b) az alábbi ügyekben országos illetékességgel első fokon Budapest Főváros Kormányhivatalát, másodfokon a minisztert,
- az úszólétesítmények építési (átépítési) terveinek felülvizsgálatával és jóváhagyásával,
- a víziutat érintő munkavégzés engedélyezésével,
- a hajózási létesítmény létesítésével, használatba vételével, fennmaradásával, üzemben tartásával és megszüntetésével, üzemeltetési szabályzatainak jóváhagyásával,
- a hatáskörébe tartozó hajózási bírság kiszabásával,
- jogszabály által más szerv hatáskörébe nem utalt hajózási hatósági hatáskörrel kapcsolatos eljárásokban.