A közlekedési igazgatási feladatokkal összefüggő hatósági feladatokat ellátó szervek kijelöléséről szóló 382/2016. (XII. 2.) Korm. rendelet szerint vasúti közlekedési hatóságként a Kormány az alábbi kivétellel a minisztert jelöli ki.
A Kormány vasúti igazgatási szervként a miniszter által vezetett minisztérium szervezeti egységét jelöli ki. A vasúti igazgatási szerv döntését és végzését felügyeleti jogkörben megváltoztatni vagy megsemmisíteni nem lehet. A vasúti igazgatási szerv e jogkörben való eljárása során nem utasítható. A vasúti igazgatási szerv független a vasúti társaságoktól, a Vasúti Pályakapacitás-elosztó Szervezettől és a közszolgáltatási szerződések odaítélésében résztvevő illetékes hatóságtól.